Depuis les tous premiers fossiles de Pokémon préhistoriques à avoir été recréés, un constat surprenant peut être fait : tous ces Pokémon sont de type Roche ! Mais comment cela se fait-il ? J'ai plusieurs hypothèses :

Ce sont les seuls qui se conservent
Du fait de leur type Roche, ces Pokémon avaient un organisme déjà fortement minéralisé, donc il n'y avait pas besoin d'un processus de fossilisation, ce qui a facilité grandement leur conservation et la résistance de ces fossiles aux aléas du temps. Selon cette hypothèse, le fait que tous les Pokémon fossiles soient de type Roche ne signifie pas que tous les Pokémon du passé possédaient ce type, c'est simplement que seuls ceux qui l'avaient ont pu être conservés sous forme fossile. Ça marche pas mal pour une partie des Pokémon fossiles qui ont une sorte de carapace ou d'armure. Même Relicanth, pseudo-fossile puisqu'il ne s'est jamais éteint, présente le type Roche.

Néanmoins avec Ptéra, Lilia, Arkéapti, Amagara et Ptyranidur, c'est moins flagrant et ce sont au mieux leurs squelettes qui sont conservés je pense (oui Lilia semble être inspiré d'un genre de crinoïde, donc pas du tout une plante en fait), mais c'est difficile de parler de roche sinon tous les Pokémon à squelette pourraient se conserver facilement et la diversité des fossiles serait plus importante. D'où ma deuxième hypothèse :

Une altération de l'ADN liée à la fossilisation
Le type Roche pourrait n'être qu'un résidu de la fossilisation, qui altère l'ADN original des Pokémon. D'une manière ou d'une autre, l'ADN incorpore les minéraux (on est chez Pokémon, hein, on peut se permettre quelques "cherche pas, c'est magique"). Ce même ADN est utilisé pour recréer les spécimens qui ne seraient donc pas vraiment identiques aux originaux.
Cette hypothèse nécessite bien que les Pokémon aient des parties dures comme un squelette, des dents une carapace, pour que celles-ci soient fossilisées (comme nos animaux en fait) mais pas nécessairement qu'elles soient rocheuses à la base. J'imagine très bien Kabuto en type Insecte/Eau comme cette espèce proche que semble être Sovkipou. Idem pour Anorith. Lilia aurait pu être Plante/Eau, mais comme il vivait accroché sur un rocher (cf. descriptions du Pokédex), le support de fossilisation était tout trouvé.

Mais au fait, y a t-il des exceptions ?
Oui : Mewtwo et Genesect, mais ce sont des organismes génétiquement modifiés et les scientifiques ont très bien pu retirer les portions d'ADN codant pour le type Roche. Dès lors, on ne peut pas savoir si une reproduction sans manipulation génétique aurait donné un type Roche ou non.
Mewtwo a été créé à partir du fossile d'un cil de Mew (GG les mecs !), il aurait donc pu être intéressant de voir le type d'un Mew recréé à partir du fossile sans manipulation génétique. On sait même que l'individu d'origine, Mew, existant encore aujourd'hui, n'est pas non plus de type Roche. S'il était apparu chez le clone non modifié, alors ça aurait fait pencher la balance vers la deuxième hypothèse.
Remarquez, si à la base tous les Pokémon descendent de l'espèce Mew (hors entités créatrices), on a bien la preuve qu'il a pu évoluer et que même le dernier individu n'est pas nécessairement du même type que les originaux. Et donc pas nécessairement du même type que celui dont on a retrouvé un fossile.

Y'a t-il des Pokémon conservés dans autre chose que de la roche ?
Oui :
- Ptéra est reconstitué à partir de cellules retrouvées dans l'ambre, matériau qui n'est pas un minéral, ce qui laisse fortement penser que Ptéra avait bien le type Roche.
- Amagara dont une partie de son corps a été conservée dans la glace. Il possède d'ailleurs ce type Glace, ce qui pourrait résulter du même genre de processus qu'évoqué dans la 2ème théorie. Mais il est quand même de type Roche. Mais quand je vois son fossile, je ne vois que du caillou donc c'est peut-être un fossile lui-même conservé dans la glace et non directement une partie de son corps (contrairement aux mammouths par exemple). Alors les deux types découleraient des processus de sa conservation, et il est difficile de savoir quels pouvaient être les originaux. Glace reste probable vu qu'il vivait dans les régions au climat froid.

Conclusion
En l'absence de données officielles permettant de trancher, les deux hypothèses ne peuvent pas être exclues. D'ailleurs il est tout à fait possible que l'une soit vraie pour certains Pokémon fossiles alors que pour d'autres il s'agira plutôt de la deuxième.

Très bonne mise au point !

L'anime va aussi dans le sens de tes propos. L'épisode XY023 montre que c'est le Fossile Nageoire qui a été retrouvé dans la glace, et non directement le corps d'Amagara.
Ce qui est aussi en accord avec le jeu, où c'est effectivement un fossile qui permet de créer Amagara. Il n'y a donc bien que Ptéra qui n'est pas concerné par la fossilisation.

DP017 Pokédex de Ptéra a écrit:

Aerodactyl, the Fossil Pokémon. An ancient Flying-type, it is equipped with sharp saw-like teeth.

Est-ce que seul le type Vol est mentionné, car son type Roche est évident en tant que fossile ? Ou est-ce que c'était un Pokémon simplement de type Vol avant ? En fait on n'est même pas sûr que le Pokédex parle de son ancienne forme. Si c'est la forme actuelle qui est mentionnée, alors la première hypothèse est la bonne.
Finalement, une description plus récente de Méga-Ptéra va aussi dans le sens d'un type Roche originel :

Pokédex Soleil Méga-Ptéra a écrit:

Part of its body has become stone. Some scholars claim that this is Aerodactyl's true appearance.

Ce qui est donc en accord avec ce que tu dis.

Le cas de Mew est un peu compliqué, car il s'agit du premier film, qui possède pas mal de maladresses. Déjà comme tu dis, le fait que ce soit un cil de Mew qui soit fossilisé, voilà. Dis moi si je me trompe, mais il ne me semble pas que la fossilisation des poils soit impossible. La glace ou l'ambre, mais aussi les sédiments fins, doivent permettre de conserver ça, bien que du coup ce soit très rare. Ce qui est plus improbable, c'est que les scientifiques n'ont trouvé qu'un cil. Pourtant c'est bien le dernier truc qu'on trouve non ? On s'attendrait, si c'était bien un fossile, à ce qu'on trouve d'autres parties du corps.
Du coup j'ai regardé la scène en question, où les scientifiques découvrent le cil.
Je mets le lien vers la vidéo ici.
Au début, le scientifique dit qu'il pense que l'espèce de Mew est éteinte. Lorsqu'il dit ça, on voit un Mew vivant se cacher dans la forêt. Ensuite, l'équipe scientifique, au milieu de la jungle, découvre des ruines et observe une stèle avec un Mew sculpté. À ce moment, il s'étonne car l'ombre du Mew vivant est projeté sur la stèle. Mais lorsqu'ils se retournent, Mew n'est plus là. Et comme par hasard, juste après ça, le scientifique dit qu'ils ont découvert (à ce moment précis ?) ce qu'ils croient être un fossile de Mew. Il dit bien ce qu'ils croient être. Évidemment, ils pensent à un fossile, car ils sont persuadés que Mew n'existe plus. De ce qu'on voit du fossile, c'est plutôt un cil intact. À mon avis, c'est le cil du Mew vivant qui est tombé derrière eux avant qu'il ne se cache.
Donc dans le cas de Mew, il ne doit même pas être considéré comme un fossile à mon sens. Au mieux la question se pose, mais on constate avec ta théorie que de toute façon, à moins que les scientifiques aient modifié son code génétique pour enlever son type roche, l'hypothèse du fossile est une anomalie. Donc tout porte à croire que ce n'est pas un fossile !

En revanche pour Genesect, effectivement, il s'avère qu'il a bien été créé à partir d'un fossile. Du coup, à moins que la méthode de réanimation soit spéciale, il aurait dû posséder le type Roche. Donc là ton hypothèse est très crédible, surtout quand on sait que la Team Plasma a bel et bien apporté des modifications à ce Pokémon, dans le but de le rendre puissant.

En tout cas, rien que l'apparence des Pokémon rend ta théorie attractive. En effet, beaucoup des Pokémon fossiles ne font pas très "roche". Seul Méga-Ptéra échappe à la règle, et ça tombe bien, car c'est le seul Pokémon qui était de type Roche avant. M'enfin, il faut faire gaffe avec ce genre d'argument, car outre les fossiles, on trouve sûrement d'autres Pokémon Roche qui n'en ont pas l'apparence.

Je me demande si dans l'anime nous avons d'autres exemples moins conventionnels de réanimation... Je crois me rappeler que dans le film de Jirachi, un Groudon est invoqué à partir d'un fossile. Mais là, c'est par magie, grâce au Vœu de Jirachi.
De toute façon, on peut difficilement connaître le type des Pokémon réanimés d'un simple coup d'oeil dans l'anime et les films.

Dans le screen de l'anime, la partie de Amagara prise dans la glace est colorée, or on ne trouve pas de fossile coloré car ce sont des roches. Pour moi c'est clairement une partie d'Amagara retrouvée dans la glace, et non un fossile conservé dedans. Ça serait un clin d’œil aux "corps" qu'on peut trouver préservés dans la glace, comme ceux des mammouth, que les scénaristes ont voulu faire.
De plus la "nageoire" toute fine d'Amagara pourrait difficilement se fossiliser, même si dans le jeu c'est bien un fossile, on voit que cette bizarrerie est contournée dans l'anime pour quelque chose de plus réaliste.
Après il me semble que les glaces ne soient pas aptes à conserver un dinosaure, c'est déjà rare d'y trouver un mammouth. Encore une erreur de Pokémon ?